Różnica między operacją deinstalacji a samym usunięciem folderu zawierajacego dany program jest dość znacząca. Większość programów dokonuje wpisów w rejestrze systemowym oraz tworzy w różnych miejscach skróty.
Pomijając programy które nie zawierają się w przed chwilą wspomnianych ramach uzyskujemy jasną odpowiedź, że aby trwale usunąć dany program nie wystarczy jego fizyczne usunięcie wraz z folderem. Tylko proces deinstalacji uruchomiony bądź za pomocą dedykowanej programowi aplikacji lub za pomocą opcji dodaj/usuń panelu sterowania zapewnia pełny sukces. Używając tego sposobu zostaną usunięte zarówno wpisy w rejestrze, foldery robocze i skróty programu jak i on sam. Często aplikacja deinstalująca pyta się czy ma także usunąć folder z zapisanymi efektami naszej pracy czy zapisanymi stanami w przypadku gier, co uniemożliwi przypadkowe usunięcie samych zapisywanych danych czy informacji. Niestety nawet poprzez używanie tego sposobu nie ustrzeżemy się przez źle napisanymi programami, które nie usuwają całkowicie śladów po swojej bytności. W takim przypadku na pomoc przychodzą aplikacje czyszczące rejestr z nieaktywnych wpisów oraz przeszukują dyski twarde w celu wyodrębnienia pozostałości po deinstalacji.
Pomijając programy które nie zawierają się w przed chwilą wspomnianych ramach uzyskujemy jasną odpowiedź, że aby trwale usunąć dany program nie wystarczy jego fizyczne usunięcie wraz z folderem. Tylko proces deinstalacji uruchomiony bądź za pomocą dedykowanej programowi aplikacji lub za pomocą opcji dodaj/usuń panelu sterowania zapewnia pełny sukces. Używając tego sposobu zostaną usunięte zarówno wpisy w rejestrze, foldery robocze i skróty programu jak i on sam. Często aplikacja deinstalująca pyta się czy ma także usunąć folder z zapisanymi efektami naszej pracy czy zapisanymi stanami w przypadku gier, co uniemożliwi przypadkowe usunięcie samych zapisywanych danych czy informacji. Niestety nawet poprzez używanie tego sposobu nie ustrzeżemy się przez źle napisanymi programami, które nie usuwają całkowicie śladów po swojej bytności. W takim przypadku na pomoc przychodzą aplikacje czyszczące rejestr z nieaktywnych wpisów oraz przeszukują dyski twarde w celu wyodrębnienia pozostałości po deinstalacji.